Научната библиотека "Елена и Иван Дуйчеви" съдържа около 60 000 библиотечни единици и е една от най-богатите документални бази за изследване на българската, византийската и западноевропейската средновековна история, изкуство, палеография и литература. Обстойно е застъпен изворовият материал от класически и средновековни автори, справочната литература, български и чужди специализирани медиевистични издания. Изключително богатите фондове на библиотеката дават възможност за работа на много студенти и преподаватели от всички хуманитарни специалности. Благодарение на изключително активните международни контакти на проф. Иван Дуйчев, в библиотеката намират място и множество издания, които са уникални сред българските книжовни фондове. Като резултат на своята интензивна научна дейност и на голямата си печатна продукция, ЦСВП си извоюва авторитет в научните среди и редица изтъкнати български и чуждестранни учени завещаха своите лични библиотеки на Центъра като напр. Христо Гандев, Веселин Бешевлиев, Тодор Боров, Борис Геров, Георги Михайлов, Велизар Велков, частично Т. Герасимов, Л. Басмаджиев, епископ Нестор, а други лични библиотеки постъпиха чрез откупки: Питър Харанис, Асен Василиев, Димитър Михалчев.
В Центъра се съхранява най-богатата колекция от гръцки ръкописи в България (около 500 кодекса), повече от 70 славянски и около 200 ориенталски, дву- и триезични ръкописи от IX до XIX в. По този начин в ръкописната сбирка са представени всички различни езикови традиции на Балканите: гръцки, славянски и ориенталски. Попълването на тези фондове продължава и сега чрез откупуване, като средствата постъпват от целеви дарения. Научната обработка, реставрацията и консервацията на ръкописната и архивна сбирка се осъществява по линия на няколко международни проекта с колеги от различни институти в страната и чужбина (напр. Japan Foundation, Sumitomo Foundation, Vaseda University - Tokyo, реставрационна лаборатория от Грац - Австрия, проф. Агамемнон Целикас - директор на института по история и палеография при културната фондация на гръцката национална банка, Атина и др.).
Архивното богатство на ЦСВП "Иван Дуйчев" включва научния архив и епистоларното наследство на изтъкнати университетски преподаватели: Иван Дуйчев, Никола Михов, Тодор Боров, Асен Василиев и Велизар Велков. Епистоларният корпус обхваща 20 000 писма на тези учени, както и дневниците от експедиции на Света гора и Балканите, заседанията на Исторически факултет - документи, свързани с историята на Университета.