BioExcel е водещият Европейски Център за върхови постижения в областта на изчислителните биомолекулни науки, който цели разпространение на приложението на прогресивни, иновативни изчислителни технологии в различни био-насочени изследователски области. Това изисква да бъдат разработени, популяризирани и поддържани висококачествени програми (софтуерни решения) и услуги (като поддръжка, обучение, автоматизиране и др.) чрез координирани усилия на общността.

BioExcel участва в разработката и поддръжката на четири основни софтуерни пакета: GROMACS, HADDOCK, PMX и BioExcel Building Blocks (BioBB).

• GROMACS е един от най-широко използваните изследователски софтуерни пакети за класически молекулнодинамични симулации в света и е най-големият софтуер с отворен код с приложение в биомолекулните проучвания. Това е единственият значим пакет за класически молекулнодинамични симулации, който се развива в Европа.
• HADDOCK е мултифункционален инструмент за докинг, който интегрира информация от различни биохимични, биофизични и биоинформационни методи за подобряване на обхождането на фазовото пространство, оценка на афинитета на свързване или и двете. Той е и сред малкото специализирани пакети, които поддържат докинг протеин-протеин.
• PMX е услуга за потребители, интересуващи се от пресмятане на свободна енергия чрез молекулнодинамични симулации. Профили на изменение на свободната енергия са изключително търсени в изследвания свързани с науките за живота и могат да се получат чрез съвместно използване на PMX и GROMACS.
• BioBB е нова софтуерна библиотека, предназначена да помогне при генерирането на оперативно съвместими и възпроизводими комбинирани изчислителни схеми (workflows) за биомолекулни симулации. Научни проекти, които се нуждаят от автоматизация на последователни изчислителни етапи, за да постигнат висока производителност, могат да се възползват от BioBB.

И четирите софтуерни пакета са със свободен достъп за академични потребители.

Bioexcel има за партньори в консорциума престижни институции като KTH Stockholm, Utrecht University, Max-Planck-Gesellschaft, IRB Barcelona, Barcelona Supercomputer Center, CSC, Nostrum Biodiscovery и Norman Consulting.

Програмата на Посланиците на добра воля цели да осигури оптимално и широко използване на основните софтуерни пакети на BioExcel и да укрепи общността на биомолекулните симулации в цяла Европа.

Целите на програмата са:

• Установяване на здрави връзки между BioExcel и националните общности за биомолекулно моделиране и симулации,
• разбиране на техните нужди по отношение на обучение, функционалност на софтуерните пакети и поддръжка,
• повишаване на осведомеността за основните приложения на BioExcel пакетите и какво може да се постигне с тях по отношение на функционалност и производителност,
• подобряване на възприемането на инструментите на BioExcel, както и подкрепа и популяризиране на дейностите на BioExcel в Европа и в световен мащаб.

При въпроси относно дейности на BioExcel в рамките на програмата на Посланиците на добра воля или желание да бъдете включени в националната мейл листа можете да се обърнете към проф. Анела Иванова.