Мисията на Центъра за изследване на религиите е общоуниверситетска, а дейността му има интердисциплинарен характер. Разработвайки научноизследователски и образователни проекти, ЦИР има за цел да допринесе за развитието на Софийския университет като водещо изследователско висше училище на национално и международно равнище по няколко основни линии:

• развитие на научния интерес към изучаването на религиите от гледна точка на съвременните хуманитарни и социални науки;

• изработване методология на взаимодействие между научните подходи на религиознанието и теологията;

• предоставяне на подходяща институционална рамка за разработване и реализация на интердисциплинарни научни проекти;

• акумулиране на академична компетентност, която ще даде възможност на Университета да съдейства по авторитетен начин при изработване на държавните политики в различни сфери, пряко или косвено свързани с религията.

В тази връзка пред ЦИР стоят следните задачи:

1. Създаване на методологическа, методическа и проектна среда за партньорство в областта на изследванията на религиите – както между представители на различни специалности от Софийдския университет, така и с външни партньори, включително в международен план.
2. Осъществяване на дейности за иницииране и развитие на научноизследователски мрежи за реализиране на дейности в областта на изследванията на религиите.
3. Развиване на капацитет в областта на обучението, консултантската и проектната дейност в заявената област.
4. Създаване на благоприятни условия за повишаване компетентността на членовете на университетската общност и други публики в областта на религиознанието и историята на религиите.
5. Създаване и развиване на учебна документация, учебни материали, информационна база и изследователски потенциал в заявената област и тяхно популяризира сред заинтересовани лица и групи.

За постигане на своите цели ЦИР осъществява следните дейности:

1. Организира и участва в изследвания в областите на религиознанието и историята на религиите.
2. Организира и участва в научни прояви – както еднократни конференции, кръгли маси, представяния на книги, така и постоянно действащи семинари.
3. Осъществява международно сътрудничествдо в областта на изследванията на религиите чрез съвместни изследвания, гостувания на видни чуждестранни учени, съвместни публикации и др.
4. Създава, развива и разпространява информационни ресурси.
5. Организира натрупването, съхраняването и разпространението на професионални знания и ноу-хау.
6. Подпомага дейности, насочени към научното и професионално развитие на членове от университетската общност.