Дивата природа е главен елемент на националното и световно биоразнообразие и е в основата на природните процеси и екологичната устойчивост особено в светлината на сериозните климатични промени. В последните години, дори в недостъпни райони, дивите животни са силно намалели, а някои дори напълно изчезнали. За възстановяване на естествените екосистеми се полагат усилия чрез прилагането на различни принципи, модели и инструменти като например увеличаване и поддържане на естествените популации или реинтродукция. Това от своя страна може да донесе важни икономически ползи – например работни места и приходи, генерирани от предприятия, ангажирани с природата, или намаляване на ефектите от изменението на климата. Освен това за голяма част от обществото ползите от дивата природа далеч надхвърлят икономическите, включвайки аспекти на физическо здраве, туризъм и култура.
Източните Родопи са едно от тези места, където се извършват многобройни усилия за опазване и възстановяване на естествените популации на дивите животни. Районът е известен с богатото си биоразнообразие и е дом на няколко защитени територии и природни резервати, които се характеризират с разнообразна фауна, включително няколко вида диви тревопасни животни, които играят важна роля в екосистемите. Такива са зубърът, известен още като европейски бизон (Bison bonasus), благородният елен (Cervus elaphus), eленът лопатар (Dama dama) и конете Коник, фенотипна възстановка на дивия кон тарпан (Equus ferus ferus).
Реинтродуцирането на тези животни в Източни Родопи е пример за успешните усилия за възстановяване на дивата природа. Въпреки регулярния им мониторинг обаче все още е необходимо 1) изясняване на популационната им структура (чрез молекулярно таксономични подходи – напр. чрез микросателитни маркери) и интегрирането ѝ сред наличните данни в европейски и световен мащаб, 2) установяване на здравния им статус (ендопаразити, например хелминтни, които могат да бъдат установени чрез метагеномни изследвания по гена за цитохром оксидаза I, чревна микробиота (по гена за 16S rRNA) и др.) и 3) влиянието на сезонните и видови вариации в диетата върху здравето на животните (ще бъде направена и оценка на растителната диета (по trnL гена)). Именно за това в целта на проекта е залегнало метабаркодирането чрез използването на фекални проби.
Не на последно място, във фекалиите на тревопасните животни може да се открие наличието на микроорганизми, които играят ключова роля в поддържането на здравето на екосистемата и са част от сложната мрежа от взаимодействия в природата, които поддържат биоразнообразието (напр. обогатяване на микробиома на почвата) и устойчивостта на околната среда (могат да имат симбиотични взаимоотношения с растенията, като подпомагат тяхното развитие и защита от патогени, да подпомагат кълняемостта на семената или да участват в разграждането на органичните вещества и освобождаването на хранителни елементи като азот, фосфор и калий, които са от съществено значение за растежа на растенията).
Някои видове микроорганизми, изолирани от фекални проби на тревопасни, могат да проявяват литични активности за разграждане на трудно разградими полизахариди и съответно биха имали потенциал за индустриално приложение за производство на продукти (напр. биоетанол) или да притежават свойства на пробиотици със значение и приложимост при домашни животни. Изолирането, култивирането и характеризирането на такива перспективни видове микроорганизми е неразделна част от заложените в проекта научни дейности.