ЦИЕК има за свой висш ръководен орган Управителен съвет, който включва ръководителите на катедри, отговорниците на специалности и звена и завеждащия Библиотеката по изтокознание. Начело на управителния съвет е директорът на ЦИЕК, който се назначава от Ректора по предложение на Управителния съвет и се утвърждава от Академическия съвет.
Управителният съвет координира цялостната научноизследователска, учебнопреподавателска и популяризаторска дейност на ЦИЕК. Решенията на Управителния съвет на ЦИЕК подлежат на утвърждаване от деканското ръководство или от Факултетния съвет, в случаите, когато засягат финансови и общофакултетски проблеми.
Директор на ЦИЕК
| Проф. дфн Александър Федотов |